Con PHP y su librería GD podemos recortar una imagen fácilmente. Vamos a crear una función que se llame RecortarImagen y le mandaremos los siguientes parámetros: Imagen Original, Imagen de Destino, Ancho a Cortar, Alto a Cortar, Posición de la Imagen Original Horizontalmente, Posición de la Imagen Original Verticalmente y La Calidad de la Imagen.

Por ejemplo, podemos decirle al usuario que seleccione un tamaño de la imagen cuadrada (ancho = alto). En el tercer parámetro mandamos uno de los tamaños que fue seleccionado, por ejemplo el cuadrado será de 100×100 (mandámos el número 100) y en el cuarto parámetro al tamaño que queremos achicarlo y quedaría así.

 imagesx($pic), "height" => imagesy($pic), "picture" => $pic);
    $width = $pic["width"];
    $height = $pic["height"];
 
	if($width > $height){
		$masGrande = $width;
		$porcentaje = $TamanoSeleccionado/$width;
	}else{
		$masGrande = $height;
		$porcentaje = $TamanoSeleccionado/$height;
	}
	$RecortarAncho = $masGrande*$porcentaje;
	$RecortarAlto = $masGrande*$porcentaje;
 
    $imgOriginal = $pic["picture"];
    $imgFinal = imagecreatetruecolor($TamanoFinal, $TamanoFinal);
    imagecopyresampled($imgFinal, $imgOriginal, 0, 0, $x, $y, $TamanoFinal, $TamanoFinal, $RecortarAncho, $RecortarAlto);
    imagejpeg($imgFinal, $ImagenDestino, $calidad);
    imagedestroy($imgFinal);
}
?>

También en este blog puede ver cómo Crear thumbs con PHP

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